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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
20/01/2015 |
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Data da última atualização: |
08/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
CRATIVOL, C.; REGULSKI, M.; BERTALAN, M.; MCCOMBIE, W. R.; SILVA, F. R. da; ZERLOTINI NETO, A.; VICENTINI, R.; FARINELLI, L.; HEMERLY, A. S.; MARTIENSSEN, R. A.; FERREIRA, P. C. G. |
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Afiliação: |
CLÍCIA GRATIVOL, UFRJ; MICHAEL REGULSKI, Cold Spring Harbor Laboratory; MARCELO BERTALAN, Institute of Biological Psychiatry, Mental Health Center; W. RICHARD MCCOMBIE, Cold Spring Harbor Laboratory; FELIPE RODRIGUES DA SILVA, CNPTIA; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; RENATO VICENTINI, CBMEG/Unicamp; LAURENT FARINELLI, Fasteris SA; ADRIANA SILVA HEMERLY, UFRJ; ROBERT A. MARTIENSSEN, Cold Spring Harbor Laboratory; PAULO CAVALCANTI GOMES FERREIRA, UFRJ. |
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Título: |
Sugarcane genome sequencing by methylation filtration provides tools for genomic research in the genus Saccharum. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
The Plant Journal, Oxford, v. 79, n. 1, p. 162-172, 2014. |
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DOI: |
10.1111/tpj.12539 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Many economically important crops have large and complex genomes that hamper their sequencing by standard methods such as whole genome shotgun (WGS). Large tracts of methylated repeats occur in plant genomes that are interspersed by hypomethylated gene-rich regions. Gene-enrichment strategies based on methylation profiles offer an alternative to sequencing repetitive genomes. Here, we have applied methyl filtration with McrBC endonuclease digestion to enrich for euchromatic regions in the sugarcane genome. To verify the efficiency of methylation filtration and the assembly quality of sequences submitted to gene-enrichment strategy, we have compared assemblies using methyl-filtered (MF) and unfiltered (UF) libraries. The use of methy filtration allowed a better assembly by filtering out 35% of the sugarcane genome and by producing 1.53 more scaffolds and 1.73 more assembled Mb in length compared with unfiltered dataset. The coverage of sorghum coding sequences (CDS) by MF scaffolds was at least 36% higher than by the use of UF scaffolds. Using MF technology, we increased by 1343 the coverage of gene regions of the monoploid sugarcane genome. The MF reads assembled into scaffolds that covered all genes of the sugarcane bacterial artificial chromosomes (BACs), 97.2% of sugarcane expressed sequence tags (ESTs), 92.7% of sugarcane RNA-seq reads and 98.4% of sorghum protein sequences. Analysis of MF scaffolds from encoded enzymes of the sucrose/starch pathway discovered 291 single-nucleotide polymorphisms (SNPs) in the wild sugarcane species, S. spontaneum and S. officinarum. A large number of microRNA genes was also identified in the MF scaffolds. The information achieved by the MF dataset provides a valuable tool for genomic research in the genus Saccharum and for improvement of sugarcane as a biofuel crop. MenosMany economically important crops have large and complex genomes that hamper their sequencing by standard methods such as whole genome shotgun (WGS). Large tracts of methylated repeats occur in plant genomes that are interspersed by hypomethylated gene-rich regions. Gene-enrichment strategies based on methylation profiles offer an alternative to sequencing repetitive genomes. Here, we have applied methyl filtration with McrBC endonuclease digestion to enrich for euchromatic regions in the sugarcane genome. To verify the efficiency of methylation filtration and the assembly quality of sequences submitted to gene-enrichment strategy, we have compared assemblies using methyl-filtered (MF) and unfiltered (UF) libraries. The use of methy filtration allowed a better assembly by filtering out 35% of the sugarcane genome and by producing 1.53 more scaffolds and 1.73 more assembled Mb in length compared with unfiltered dataset. The coverage of sorghum coding sequences (CDS) by MF scaffolds was at least 36% higher than by the use of UF scaffolds. Using MF technology, we increased by 1343 the coverage of gene regions of the monoploid sugarcane genome. The MF reads assembled into scaffolds that covered all genes of the sugarcane bacterial artificial chromosomes (BACs), 97.2% of sugarcane expressed sequence tags (ESTs), 92.7% of sugarcane RNA-seq reads and 98.4% of sorghum protein sequences. Analysis of MF scaffolds from encoded enzymes of the sucrose/starch pathway discovered 291 single... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Cana-de-açúcar; De novo assembly; Gene-rich regions. |
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Thesagro: |
Metilação. |
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Thesaurus Nal: |
Methylation; Saccharum; Sugarcane. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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Biblioteca |
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Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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Data corrente: |
17/01/2011 |
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Data da última atualização: |
05/07/2011 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
MOURÃO FILHO, F. de A. A.; ESPINOZA-NÚÑEZ, E.; STUCHI, E. S.; CANTUARIAS-AVILÉS; BREMER NETO, H. |
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Afiliação: |
Francisco de Assis Alves Mourão Filho, USP; Erick Espinoza-Núñez, USP; EDUARDO SANCHES STUCHI, CNPMF; Tatiana Cantuarias-Avilés, USP; Horst Bremer Neto, USP. |
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Título: |
Desenvolvimento e produção de limeira ácida 'Tahiti' sobre diferentes porta-enxertos cultivada com e sem irrigação. |
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Ano de publicação: |
2010 |
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Fonte/Imprenta: |
In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FRUTICULTURA, 21., 2010, Natal. Frutas: saúde, inovação e responsabilidade: anais. Natal: Sociedade Brasileira de Fruticultura, 2010. |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
pdf 1599 |
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Conteúdo: |
A produção comercial de citros no Brasil é baseada em poucas cultivares copa e porta-enxerto. Entre as copas, quatro cultivares de laranja doce representam aproximadamente 92% das plantas no Estado de São Paulo (maior estado produtor). Por outro lado, o limão ?Cravo? é o cultivar porta-enxerto predominante, presente em 85% dos cultivos (BASSANEZI et al., 2003). Se de um lado, a homogeneidade genética dos pomares apresenta vantagens, de outro, essa condição aumenta perigosamente sua vulnerabilidade a pragas e doenças. Portanto, é fundamental que os citricultores possam contar com alternativas para diversificação em seus pomares. Buscou-se, neste trabalho, avaliar o desenvolvimento de plantas de lima ácida Tahiti sobre doze porta-enxertos e um interenxerto. O experimento foi conduzido em duas condições de cultivo: com e sem irrigação. |
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Thesagro: |
Fruta Cítrica; Material de Propagação; Porta Enxerto. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/36160/1/ID27174pdf1599.pdf
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Marc: |
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520 $aA produção comercial de citros no Brasil é baseada em poucas cultivares copa e porta-enxerto. Entre as copas, quatro cultivares de laranja doce representam aproximadamente 92% das plantas no Estado de São Paulo (maior estado produtor). Por outro lado, o limão ?Cravo? é o cultivar porta-enxerto predominante, presente em 85% dos cultivos (BASSANEZI et al., 2003). Se de um lado, a homogeneidade genética dos pomares apresenta vantagens, de outro, essa condição aumenta perigosamente sua vulnerabilidade a pragas e doenças. Portanto, é fundamental que os citricultores possam contar com alternativas para diversificação em seus pomares. Buscou-se, neste trabalho, avaliar o desenvolvimento de plantas de lima ácida Tahiti sobre doze porta-enxertos e um interenxerto. O experimento foi conduzido em duas condições de cultivo: com e sem irrigação.
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Registro original: |
Embrapa Mandioca e Fruticultura (CNPMF) |
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